Marine økosystemer
På samme måte som vi må beskytte livsmiljøer på land, må vi også beskytte sjøen og havbunnen. De marine gruntvannsområdene er sårbare. Tilførselen av nitrogen, fosfor og jordpartikler er for stor. De viktige ålegrasengene er truet av grumsete vann og for stor algevekst. Marint plastavfall er blitt et stort problem, både til havs og langs kysten. Etableringen av marine nasjonalparker, som Færder og Ytre Hvaler, er viktige signaler om at vi også må beskytte naturen i sjøen.
Fjæra
De fleste har utforsket livet øverst i fjæra; plukket blåskjell og sjøstjerner, fanget krabber, strandreker og småfisk i tangbeltet. Her finner vi også rur, tanglopper og flerbørstemarker. Blæretangen vokser i de grunneste områdene, litt dypere finnes grisetang og sagtang. Tareskogene kan faktisk sammenlignes med tropiske regnskoger eller en jungel under vann. De er viktige oppvekstområder for en lang rekke arter.
Ålegrassenger
Ålegrasenger finner vi på grunne, skjermede steder med liten vannbevegelse og bløt bunn med mudderholdig sand. Ålegrasengene er svært produktive. De er viktige leveområder for bl.a. torsk, lyr, hvitting, svartkutling og sandkutling. Ålegras binder dessuten sedimentet og reduserer erosjon og er dermed viktig for stabiliteten i gruntvannsområdene.
Skjellsand
Skjellsandområder består av delvis nedbrutt kalkskall fra skjell og andre marine organismer. Så langt vet vi om 45 slike områder i nasjonalparken, de finnes for eksempel både sør og øst for Verdens Ende. Strendene på Hvasser og nord på Sandø er andre gode eksempler. Foruten å være populære blant badefolket er de også viktige oppvekstområder for et rikt og spesielt dyreliv, bl.a. flyndre, små krepsdyr, en rekke skjellarter, børstemark og andre. Skjellsand regnes som en ikke-fornybar ressurs innenfor et overskuelig tidsperspektiv.
Bløtbunn
Bløtbunnsområder er flater av mudderblandet sand med skjell og fjæremark, ofte med spredt vegetasjon av tang på stein. Områdene tørrlegges ofte ved lavvann, da dukker den karakteristiske ”sandspaghettien” opp. Dette er ekskrementhauger etter fjæremarken. Den rødlistede arten sandskjell er hittil registrert på åtte lokaliteter i nasjonalparken. Vanlige dyrearter er ellers pigghuder som slangestjerner og sjømus, flatfisker, knivskjell, hjertemusling, pelikanfotsnegl og tårnsnegl.
Havdyp
De dypeste delene av nasjonalparken er det vi kjenner minst, og den som dermed kan by på de mest spennende oppdagelsene i fremtiden. De dypeste områdene i nasjonalparken finner vi øst for Store Færder og nordøst for Bolærne i retning Rauer, med havdyp fra 200 til 500 meter. Hos vår nabo Ytre Hvaler nasjonalpark er det registrert et korallrev. Hvorvidt noe slikt finnes også hos oss, vet vi foreløpig ikke.
Fisk og skalldyr
Flere arter av fisk og skalldyr har hatt en sterk tilbakegang de senere årene, for eksempel kysttorsk og hummer.
Utviklingen i hummerbestanden etter at det ble opprettet et bevaringsområde ved Vestre Bolæren i 2006, har gitt oppsiktsvekkende gode resultater. Bestanden har økt med 350 prosent, med god økning også i tilstøtende områder. I 2016 ble det opprettet nye bevaringsområder for hummer på til sammen ca 14 000 km2.
I 2016 ble det også opprettet et større program i forsøk på å restaurere kysttorskstammen i Færder og Ytre Hvaler nasjonalparker. Forskning, forvaltning og lokalsamfunn har gått inn i et bredt samarbeid om denne oppgaven. Viktige innsatsområder blir:
- å dokumentere hvor mye som er igjen om kysttorsken
- bevaringstiltak
- kartlegging av sammenhenger mellom vannkvalitet og livsvilkårene for viktig biotoper som ålegras, tang og tare
- skadevirkninger av fremmede arter, for eksempel stillehavsøsters