Karplanter
Nasjonalparken har et stort innslag av rødlistede arter. Mange av de rødlistede artene er kalkkrevende og begunstiget av hevd og/eller er knyttet til naturlige og semi-naturlige miljøer i fjærebeltet. I tillegg finnes også flere rødlistede arter knyttet til rik edelløvskog og ulike typer gammelskog. I Færder nasjonalpark finnes den eneste bestand av sandtimotei, registrert i Færder nasjonalpark i 2015. Arten er kritisk truet (CR). Andre rødlistede, sjeldne arter kan vi finne kammarimjelle (EN), bulmeurt (EN), bukkebeinurt (NT), jordbærkløver (VU), sodart (VU) og den spesielle blå-bringebær (NT).
Skog
En rekke varmekjære trær trives i Færder nasjonalpark. Noen av øyene skiller seg ut med særlig verdifulle skogsområder. Store deler av skogsmarka på Mellom-Bolæren er lite påvirket av menneskelig aktivitet. På de høyeste kollene finner vi naturfuruskog med svært høy tetthet av gamle trær. I tillegg finnes flere områder med frisk rik edelløvskog (NT), rik edelløvsko (VU), rik blandingsskog, låguredelløvskog (VU), kalk- og lågurfuruskog (VU), i tillegg finne lind (NT), eik, ask (EN) samt osp og bjørk.
På Sandø er skogen mer eller mindre kalkrik, og det meste av skogen faller inn under ulike kategorier rødlistet skog som kalk- og lågurfuruskog (VU), frisk rik edelløvskog (NT), lågurtedelløvskog (VU), rik svartorsumpskog (VU). På Søndre Årøy finnes et større område med svartor-sumpskog som er restaurert.
Beitemarkssopper
Mose, lav og vannplanter
Mose, lav og vannplanter er kartlagt i mindre grad enn blant annet karplanter. Det finnes imidlertid registreringer på sjeldne mosearter og kransalger.
Statsforvalteren fikk utarbeidet en rapport om striglegulmose i 2023, som bare finnes på noen lokaliteter i Norge. Den største bestanden ble registrert i Moutmarka i Færder nasjonalpark. Samtidig ble også en annen sjelden art registrert, nerveklo (EN). Det finnes få registreringer på lav. I forbindelse med skjøtselsplan for Moutmarka er det registrert en rekke kransalger. Kransalgene kan danne store biomasser, først og fremst i innsjøer og brakkvann. I 2023 ble det registrert flere kransalger i Moutmarka, blant annet bredtaggkrans (NT), korsandemat (NT), vanlig kransalge og en steril glattkrans. I 2020 ble også hårpiggkrans (VU) registrert i området. Sannsynligvis finnes det flere arter i andre deler av nasjonalparken.
