Ålegrass
Ålegrass er en marin blomsterplante og den vokser på sand- eller mudderbunn i grunne områder hvor det kan dannes store ålegrassenger. Slike enger er svært produktive og rike på flora og fauna. De er også viktige oppvekstmiljøer fiskearter, og viktige næringssøksområder for fugl. Store ålegrassenger er svært produktive og regnes som viktige marine økosystemer på verdensbasis
Skjellsand
Skjellsand er delvis nedbrutt kalkskall fra skjell, snegler, rur, kråkeboller, kalkalger og andre marine organismer. Skjellsand er et habitat som ofte har rik og spesiell bløbunnsfauna. Habitatet fungerer som gyte- og oppvekstområder for flere fiskearter og benyttes av større krepsdyr ved skallskifte og parring. Skjellsand regnes som en ikke-fornybar ressurs innenfor overskuelige tidsrammer.
Tareskoger
Tareskog er høyproduktive områder som spiller viktige økologiske roller. Hundrevis av arter av alger og dyr er knyttet til tareskogen, som fungerer som gyteområde, oppvekstområde for ungfisk og som skjulested for en rekke organismer. Nasjonalparken inneholder naturområder av stor verdi med hensyn til forekomst av stortare og sukkertare.
Fisk
Fiskebestandene i Færder nasjonalpark og i Oslofjorden som helhet, er under press. Det ble innført forbud mot torskefiske i 2019. Det har økt med leppefisk og andre mesopredatorer. Sjøørret er vanlig ørret (Salmo trutta), som foretar beitevandringer ut i saltvann fra gyte- og oppvekstområder i ferskvann. Sjøørrett finnes fortsatt i Færder nasjonalpark.
Sel og hval
Sel er blitt et vanlig syn i nasjonalparken. Steinkobbe har sine faste plasser, og kan observeres både nord og syd i nasjonalparken.
Knølhval og finnhval, bottlenose og spekkhugger er blant de mer sporadisk besøkende til Færder nasjonalpark. Av mindre hvalarter på besøk kan nevnes både vågeval, nise og ulike typer springere.
Hummer og andre arter
Det er to hummerreservater i Færder nasjonalpark. Årlig prøvefiske i området ved Mellom Bolæren, viser en oppgang av bestanden.
Innenfor nasjonalparken er det totalt registrert 134 forekomster av bløtbunnsområder. Over 20 av disse er «Strandflater av mudderblandet sand med skjell og fjæremark». Enkelte steder er det høye tettheter av fjæremark, noe som tilsier høy økologisk status. Den rødlistede arten sandskjell (Mya arenaria) er registrert på åtte lokaliteter. Utfra det store antalle bløtbunnsområder i strandsonen, og funnene av den rødlistede arten strandskjell, vurderes nasjonalparken å ha store marinbiologiske verdier i de grunne bløtbunnsområdene.