Sjøbunnen
Øverst i fjæra
De fleste har utforsket livet her; plukket blåskjell og sjøstjerner, fanget krabber, strandreker og småfisk i tangbeltet. Her vokser også rur, grønn- og rødalger, og vi finner både tanglopper og flerbørstemarker. Blæretangen vokser i de grunneste områdene, litt dypere finnes grisetang og sagtang. Tareskogene kan faktisk sammenlignes med tropiske regnskoger eller en jungel under vann. De er viktige oppvekstområder for en lang rekke arter.
Ålegrasenger
Disse finner vi på grunne, skjermede steder med liten vannbevegelse og bløt bunn med mudderholdig sand. Ålegrasengene er svært produktive og rike på flora og fauna. De er viktige leveområder for bl.a. torsk, lyr, hvitting, svartkutling og sandkutling. Ålegras binder dessuten sedimentet og reduserer erosjon og er dermed viktig for stabiliteten i gruntvannsområdene.
Skjellsandområder
Skjellsand består av delvis nedbrutt kalkskall fra skjell og andre marine organismer. Så langt vet vi om 45 slike områder i nasjonalparken, de finnes for eksempel både sør og øst for Verdens Ende. Strendene på Hvasser og nord på Sandø er andre gode eksempler. Foruten å være populære blant badefolket er de også viktige oppvekstområder for et rikt og spesielt dyreliv, bl.a. flyndre, små krepsdyr, en rekke skjellarter, børstemark og andre. Skjellsand regnes som en ikke-fornybar ressurs innenfor et overskuelig tidsperspektiv.
Bløtbunnsområder
Dette er flater av mudderblandet sand med skjell og fjæremark, ofte med spredt vegetasjon av tang på stein. Områdene tørrlegges ofte ved lavvann, da dukker den karakteristiske ”sandspaghettien” opp. Dette er ekskrementhauger etter fjæremarken. Den rødlistede arten sandskjell er hittil registrert på åtte lokaliteter i nasjonalparken. Vanlige dyrearter er ellers pigghuder som slangestjerner og sjømus, flatfisker, knivskjell, hjertemusling, pelikanfotsnegl og tårnsnegl.
På dypet
Dette er den delen av nasjonalparken vi kjenner minst, og den som dermed kan by på de mest spennende oppdagelsene i fremtiden. De dypeste områdene i nasjonalparken finner vi øst for Store Færder, samt øst for Bolærne i retning Rauer, med havdyp fra 200 til 500 meter. Hos vår nabo Ytre Hvaler nasjonalpark er det registrert et korallrev. Hvorvidt noe slikt finnes også hos oss, vet vi foreløpig ikke.
